Przygotowanie a następnie sprawowanie Prezydencji w Radzie UE i realizacja celów, priorytetów i zadań Prezydencji, stanowi dla polskiej administracji centralnej ogromne wyzwanie, wymagające dużego nakładu działań oraz ścisłej i skoordynowanej współpracy całej administracji: Prezesa Rady Ministrów oraz Rady Ministrów i obsługujących ich ministerstw i urzędów centralnych, Komitetu ds. Europejskich oraz Pełnomocnika Rządu ds. Przygotowania Administracji Rządowej i Sprawowania przez Rzeczpospolitą Polską Przewodnictwa w Radzie UE. Ważnym podmiotem przygotowującym polskie Przewodnictwo w Radzie UE jest Stałe Przedstawicielstwo RP przy Unii Europejskiej w Brukseli. Współpraca taka dotyczy całego spektrum zagadnień: zarówno merytorycznych, kadrowych, kulturalno-promocyjnych, jak i organizacyjno-logistycznych.
Jednym ze sposobów zwiększenia efektywności przygotowań jest podjęcie przez administrację centralną aktywnej współpracy z administracją rządową w województwach, samorządami lokalnymi a także, w wielu przypadkach, z podmiotami gospodarczymi. Głównym obszarem takiej współpracy jest przede wszystkim przygotowanie nieformalnych posiedzeń Rady UE, co stanowi również dobrą okazję do promocji walorów turystycznych i gospodarczych naszego kraju.